نمایندگی کشتیرانی وظایف گسترده‌ای دارد که از پیش از ورود کشتی آغاز می‌شود و تا پس از خروج آن ادامه می‌یابد. این وظایف ترکیبی از هماهنگی‌های اداری، لجستیکی، فنی و مالی هستند.

پیش از ورود، نماینده باید ورود کشتی را به اداره بندر اطلاع دهد، مجوزهای لازم را بگیرد، اسکله مناسب را رزرو کند و برای سوخت‌رسانی، تدارکات و تأمین مایحتاج خدمه هماهنگی نماید.
به عنوان نمونه، فرض کنید کشتی‌ای حامل ۵۰۰ کانتینر در حال نزدیک شدن به بندرعباس است. نماینده کشتیرانی موظف است پیش از رسیدن کشتی، manifest کالا را آماده کند، اطلاعات دقیق هر کانتینر را در اختیار گمرک قرار دهد و تجهیزات تخلیه را هماهنگ سازد. کوچک‌ترین اشتباه در این مرحله ممکن است موجب تأخیر چندروزه و خسارت مالی قابل توجه شود.

در زمان توقف کشتی در بندر، نماینده مانند مدیر پروژه‌ای عمل می‌کند که تمام بخش‌ها را به هم متصل می‌سازد. او عملیات تخلیه و بارگیری را زیر نظر دارد، با گمرک و شرکت‌های حمل زمینی در ارتباط است، برای خدمه خدمات مورد نیاز (مانند حمل‌ونقل، درمان یا اقامت موقت) را فراهم می‌کند و هزینه‌های بندری را پرداخت می‌نماید.
علاوه بر این، نماینده مسئول رسیدگی به هرگونه حادثه یا اختلاف احتمالی در طول عملیات است. برای مثال اگر یکی از کانتینرها آسیب ببیند یا وزن اعلام‌شده با واقعیت تطابق نداشته باشد، نماینده باید فوراً گزارش دهد و هماهنگی‌های لازم را برای بررسی انجام دهد.

پس از خروج کشتی نیز کار نماینده تمام نمی‌شود. او باید اسناد مالی، فاکتورها و گزارش نهایی عملیات را تنظیم کرده و برای مالک کشتی ارسال کند. در صورت بروز خسارت یا تأخیر، نماینده وظیفه دارد پیگیری‌های لازم را با بیمه یا مقامات بندری انجام دهد تا پرونده بسته شود.